第二次Helicobacter pylori治験検討委員会が改訂した治験ガイドラインの主な内容は，以下の通りである．
I．除菌の利点と問題点: 利点は消化性潰瘍の再発抑制効果，そして低悪性度胃MALTリンパ腫の改善，かつそれらの医療経済効果である．問題点は薬剤耐性の獲得，および除菌後に新たに生じる疾患があり得ることである．
II．除菌治験の適応疾患: 除菌治験を速やかに行うべき疾患は，現在のところ，胃・十二脂腸潰瘍と低悪性度胃MALTリンパ腫である．
III．除菌薬: 酸分泌抑制薬+抗菌薬2剤の3剤併用療法をfirst-line therapyとする．
IV．存在診断と除菌判定: 存在診断は培養，鏡検，ウレアーゼ試験にて行う．除菌判定は，培養と鏡検に加えて13C尿素呼気試験を必須とし，血清学的検査法とPCR法を削除する．除菌判定の時期は，治療終了後6～8週とする．
